怪獸/宇宙人
艾雷王
故事模式中最初登場(chǎng)的敵對(duì)角色，作為在高格達(dá)上拖延時(shí)間的怪獸。
希波利特星人
在高格達(dá)行星上用卑鄙的手段將奧特戰(zhàn)士的能量吸收，之后在地球出現(xiàn)，吸收了佐菲（雷歐中是賽文）的能量，之后與玩家對(duì)抗。被打敗后，亞波人用能量轉(zhuǎn)換密封罩將其變?yōu)橄２ɡ啬z囊，之后交給了巴巴爾星人。
巴爾坦星人
在高格達(dá)行星上復(fù)數(shù)的出現(xiàn)，被宇宙巡邏隊(duì)消滅許多。最后只剩下兩個(gè)，這個(gè)可以從奧父和佐菲的臺(tái)詞中看出，在開(kāi)戰(zhàn)之前佐菲警告過(guò)玩家敵人有很多要做好一個(gè)人消滅的準(zhǔn)備。另外在第一次和初代特訓(xùn)后，初代也說(shuō)了巴爾坦因?yàn)橛袑?duì)奧特一族的敵對(duì)心所以被希波利特星人所利用。順便說(shuō)下，巴爾坦是目前為止奧特曼格斗進(jìn)化系列中登場(chǎng)人物里宇宙人中唯一一個(gè)全勤獎(jiǎng)（估計(jì)今后也是，不排除特殊情況）。
暴走巴爾坦星人
在另一故事版本中出現(xiàn)，被亞波人注入了異次元能量，攻擊力比普通的高，眼睛變?yōu)橛砂l(fā)出紅色光芒轉(zhuǎn)變?yōu)榫G藍(lán)粉三色光芒。戰(zhàn)斗模式和VS模式是不能選擇的角色。
布萊克王
在地球上出現(xiàn)，以為了消耗玩家的能量而出場(chǎng)，被打敗后加上了艾雷王的精神變?yōu)閺?qiáng)化布萊克王。其攻擊力很強(qiáng)。
納克爾星人
沒(méi)有真正出場(chǎng)和玩家戰(zhàn)斗，而是在布萊克王Lv3的必殺技中登場(chǎng)。事件結(jié)束后襲擊光之國(guó)但被杰克消滅了。和亞波人聯(lián)手的可能性極高。戰(zhàn)斗模式和VS模式是不能選擇的角色。
巴克西姆
亞波人制作出的雜兵級(jí)超獸，以軍團(tuán)形式出現(xiàn)，并作為帝國(guó)星人的手下登場(chǎng)。雖然防御少但是以數(shù)量可以消耗玩家的能量。
帝國(guó)星人
率領(lǐng)巴克西姆軍團(tuán)襲擊地球，在艾斯逃走（選擇艾斯就是泰羅）后出現(xiàn)并綁架了佐菲。十分有信心打倒玩家而且光明正大講究公平，讓玩家回去休息后得到四個(gè)精神再?zèng)Q斗。第二次決斗被加了許多精神，速度很快、攻擊力很強(qiáng)。但因身體承受不了這么多精神所以動(dòng)作變慢。被打敗后，將佐菲作為褒賞還給了奧特兄弟。
暴走帝國(guó)星人
另一版本的故事模式里登場(chǎng)，被亞波人注入了特殊的密封罩能量，變?yōu)楸┳郀顟B(tài)，眼睛變成由發(fā)出紅色光芒轉(zhuǎn)變?yōu)榫G藍(lán)粉三色光芒。攻擊力強(qiáng)。最后發(fā)出光線被玩家反彈回去后消滅。戰(zhàn)斗模式和VS模式是不能選擇的角色。
杰頓
在地球上為了引出奧特戰(zhàn)士而出現(xiàn)，力量和以前一樣沒(méi)變化。
巴巴爾星人
杰頓被消滅后登場(chǎng)，開(kāi)始時(shí)化作佐菲（雷歐里是賽文）用希波利特膠囊將奧特之父石像化，故事末尾將剩余的奧特曼化作石像并變成艾斯（選擇艾斯就是泰羅）接近玩家。其變身能力有時(shí)間限制。另一版本的故事模式直接變?yōu)榧僮舴坪屯婕覒?zhàn)斗，被消滅后現(xiàn)出原形繼續(xù)對(duì)付玩家。
暴走巴巴爾星人
之前登場(chǎng)的巴巴爾被消滅后，亞波人將所有的異次元能量和其他奧特曼的能量注入到巴巴爾星人身上使其變?yōu)楸┳叩某桶蜖?，行?dòng)和速度非常敏捷，攻擊力非常強(qiáng)大。眼睛和彩色計(jì)時(shí)器變成由發(fā)出紅色光芒轉(zhuǎn)變?yōu)榫G藍(lán)粉三色光芒。被消滅后體內(nèi)的艾斯（或泰羅）能量蹦出身體因此毀滅，是最恐怖的敵人。戰(zhàn)斗模式和VS模式是不能選擇的角色。
亞波人
此事件的黑幕也是主導(dǎo)者，這次在異次元中以等身大的樣子登場(chǎng)。用超高的科學(xué)制造出了能將怪獸和宇宙人強(qiáng)化和暴走的能量轉(zhuǎn)送密封罩，并且生產(chǎn)出了大量巴克西姆，在暴走巴巴爾星人被消滅后，被初代的七彩斯卑修姆光線、賽文的集束射線、杰克的希奈拉瑪射線、艾斯的增強(qiáng)版梅塔利姆光線、泰羅的斯特利姆光線、雷歐的L77手指光線（另一故事版本是佐菲的最強(qiáng)M87光線）一齊命中，并說(shuō)會(huì)用究極超獸報(bào)仇后消失了。戰(zhàn)斗模式和VS模式是不能選擇的角色。