★第二十六話(huà) 紅いエヴァングリオン/紅色的EVA（分支2A）
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★第二十六話(huà) 海からのマレビト/來(lái)自海中的BALEBITE（分支2B）
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兩分支內(nèi)這一關(guān)是無(wú)很大區(qū)別的，主要是接收明日香與EVA貳號(hào)機(jī)。提升熟練度的機(jī)會(huì)便是讓明日香在3回合內(nèi)擊倒使徒。之后敵人的援軍中有巴尼存在，所以要讓克莉斯上前與他交手，然后說(shuō)得。
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戰(zhàn)斗結(jié)束后，EVA正式加入隊(duì)伍。布拉度他們見(jiàn)到真嗣三人后，其平靜的態(tài)度讓美里吃驚，她原以為大家應(yīng)該對(duì)兩位駕駛員的年齡感到驚訝的，誰(shuí)料布拉度卻告訴她們?cè)诼〉仑悹柵炾?duì)里還有比真嗣他們更小的成員呢！電磁俠里的日吉等人還是小學(xué)生哩！而且連妖精也有！這更讓美里驚訝不已。
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★第二十七話(huà) マジン展開(kāi)/MAZIN展開(kāi)（共通）
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戰(zhàn)前的選擇中，如果選往“南アタリア島”的話(huà)，可提升熟練度，反之會(huì)下降2點(diǎn)的！
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眾人在前往南亞塔利亞島的途中，正撞見(jiàn)安藤正樹(shù)與拜士淵洞的比肖特交戰(zhàn)。大家都在奇怪，為何隔了這么久，正樹(shù)還沒(méi)到日本找白河愁，結(jié)果發(fā)現(xiàn)原來(lái)他是個(gè)超級(jí)路癡！然后龍馬他們告訴正樹(shù)，白河愁現(xiàn)在在南亞塔利亞島。這令正樹(shù)將隆德貝爾艦隊(duì)亦視為敵人，幸好隆圣那個(gè)白癡機(jī)器人狂一見(jiàn)到CYBASTER，就嚷著“好帥！”“我一定會(huì)拼死保護(hù)CYBASTER的！”這讓正樹(shù)終于解除了戒心，同意暫時(shí)加入隆德貝爾艦隊(duì)。戰(zhàn)斗中讓尼攻擊母艦蓋亞格林克的話(huà)，是會(huì)發(fā)生對(duì)話(huà)劇情的。另外，擊倒蓋亞格林克能夠提升熟練度，但需注意當(dāng)它的HP低于50%是會(huì)撤退的。
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★第二十八話(huà) EOTの島（共通） 幾經(jīng)辛苦后，隆德貝爾艦隊(duì)終于抵達(dá)了南亞塔利亞島，正趕上一年戰(zhàn)爭(zhēng)時(shí)落下地球的神秘宇宙飛船“MACROSS”的升空儀式。當(dāng)布拉度正與MACROSS的艦長(zhǎng)古洛巴爾在談話(huà)時(shí)，第7使徒來(lái)襲。
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此戰(zhàn)最初只能派3臺(tái)EVA上場(chǎng)，因?yàn)闅饬χ党渥?，所以很容易便擊倒使徒。但是使徒立刻一分為二并擊倒了初?hào)機(jī)與貳號(hào)機(jī)，這就需要派遣諸多超級(jí)系的機(jī)器人上場(chǎng)對(duì)付兩個(gè)使徒了。提升熟練度有兩種：一是讓凌波來(lái)打倒第7使徒，可加1點(diǎn)；一是讓布拉度打倒第7使徒，可加2點(diǎn)。當(dāng)然后者難度較高，需要?jiǎng)佑么罅康木裰噶顏?lái)提升布拉度的氣力值、降低使徒的氣力值，特別是使徒的氣力值處于100以下時(shí)是無(wú)法使用A.T.FIELD的。
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雖然擊倒了使徒，但它們又開(kāi)始再生，所以眾人開(kāi)始尋找其它有效的方法來(lái)徹底消滅這對(duì)孿生使徒。
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★第二十九話(huà) 心に念じる見(jiàn)えない刃/心中默念看不見(jiàn)的刀刃（超級(jí)系）
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★第二十九話(huà) 黑い超斗士/黑色超斗士（真實(shí)系）
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因?yàn)镽-1、R-2以及格倫拜斯特貳式增添了新裝備和武器“計(jì)都瞬獄殺”，所以3人到附近的小島進(jìn)行訓(xùn)練。但是卻在那里遇到了前ETO駕駛員伊路姆（第四次等前作的8位主角之一）以及主角的戀人！伊路姆和主角戀人奪取了柯修拜斯特EX及柯修拜斯特MK2，背叛了ETO并意圖摧毀SRX計(jì)劃。奇怪的是主角的戀人似乎已不認(rèn)識(shí)主角了，無(wú)論主角怎么勸說(shuō)都沒(méi)有用。本話(huà)中的關(guān)鍵就在于主角是否能說(shuō)得其戀人，方法是連續(xù)向?qū)Ψ焦魞纱?，然后選擇說(shuō)得，如此戀人便會(huì)因頭痛而離去。另外，如果為了提高熟練度的話(huà)，本話(huà)中其實(shí)沒(méi)有什么經(jīng)驗(yàn)值可拿，因?yàn)闊o(wú)論殺死伊路姆抑或戀人，都會(huì)被倒扣熟練度！
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★第三十話(huà) 瞬間、心がさねて/瞬間，心的重生（分支3A）
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進(jìn)入本話(huà)的條件是在先前的選擇中選“EVA2體による作戰(zhàn)を選ぶ”，這樣便由真嗣和明日香兩人合力在同一回合內(nèi)擊倒兩個(gè)使徒。所以要改造一下兩臺(tái)EVA的武器，然后與使徒干耗直至氣力值上升后，再配合精神指令將其擊倒。 一波未平一波又起，消滅了使徒后，新基奧軍的統(tǒng)帥基雷打算用衛(wèi)星炮攻擊南亞塔利亞島，借此威脅DC投降。此時(shí)有兩種作戰(zhàn)方法可選擇：一是“彈丸を擊ち落とす”，進(jìn)入“ブ－ビ－·トラッブ”；一是“彈丸をEVAで受け止める”，進(jìn)入“奇跡の價(jià)值は”。
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★第三十話(huà) 精靈馮依（分支3B）
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先前選擇了“力押しで使徒を倒す作戰(zhàn)を選ぶ”就進(jìn)入本話(huà)。同樣是打使徒，這話(huà)比較輕松多了，而且經(jīng)驗(yàn)值也較多。戰(zhàn)斗一開(kāi)始，正樹(shù)因?yàn)樾闹杏幸蓱]，所以無(wú)法開(kāi)動(dòng)CYBASTER，當(dāng)其他人在一回合內(nèi)擊倒使徒后，維蕾達(dá)帶著帝國(guó)軍出現(xiàn)在地圖左上方，CYBASTER處于危險(xiǎn)中。此時(shí)正樹(shù)方明白精靈的力量，重新駕駛著CYBASTER參戰(zhàn)。