★第十六話 咆哮、EVA初號機(jī)（共通）
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雖然擊倒了使徒，但它又馬上再生中，再加上碇司令那強(qiáng)硬態(tài)度，布拉度決定先行撤退，將此事交由Nerv負(fù)責(zé)。接著的戰(zhàn)斗純粹是走過場的劇情展示，真嗣被迫乘上EVA初號機(jī)與使徒戰(zhàn)斗，結(jié)果被打至暴走，然后輕而易舉地收拾了對方。
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★第十七話 GR對GR2（共通）
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泰坦斯的法克斯威脅岡長官，要他立刻解散隆德貝爾艦隊，被岡長官頂了回去。此時，BF團(tuán)又在東京灣附近搗亂，大作急忙與大鐵人出擊，結(jié)果撞上了他的父親所做的GR的拷貝GR2。一開始是大作的孤軍奮戰(zhàn)，第三回合時又會有敵增援在左下方出現(xiàn)。如果要提升熟練度的話，就不要先擊敗GR2，而是先收拾增援的格岡。我方增援則在第四回合登場。
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★第十八話 紅い稻妻、空飛ぶマジンガ－/紅色閃電，飛翔的鐵甲萬能俠（超級系）
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隨著接連的戰(zhàn)斗，甲兒意識到不能飛翔的鐵甲萬能俠在戰(zhàn)斗中太吃虧了，于是和主角暫時離開隊伍返回光子力研究所。鐵甲萬能俠的飛行翼即將制造完成時，阿修羅男爵突襲研究所，于是甲兒出擊迎戰(zhàn)，主角則因機(jī)體調(diào)整未能馬上出擊（如果選擇拒絕調(diào)整機(jī)體的話，能立刻出擊，但無法提升熟練度）。結(jié)果甲兒被機(jī)械獸引離研究所，并遭到飛行怪獸的圍攻，危急關(guān)頭波士以自爆來解圍。憤怒的甲兒裝載上飛行翼，與主角、以及第5回合來增援的R1、R2一同擊退了阿修羅男爵。
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戰(zhàn)斗結(jié)束后，當(dāng)甲兒哀悼波士時，卻發(fā)現(xiàn)他安然無恙地活著。主角找到隆圣，向他詢問有關(guān)英格拉姆的事情（選“イングラムのことを聞く”），獲悉對方乃是SRX的教官，以前亦是優(yōu)秀的駕駛員。
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★第十八話 ゼ－タの鼓動/Z的鼓動（真實(shí)系）
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這次攔在隆德貝爾艦隊前面的乃是泰坦斯，戰(zhàn)斗之前，花園麗要求加入戰(zhàn)斗，但卡繆就堅持反對（在此選不讓她出擊的話，可提升熟練度）。進(jìn)入戰(zhàn)斗，最初只有母艦與Z高達(dá)、超級高達(dá)、杰岡，第5回合時味方增援才能出場。因此，如果卡繆的實(shí)力夠高的話，不妨讓他獨(dú)自殺敵，反之還是乖乖等援軍的到來吧！第3回合時，特洛瓦駕駛著重裝高達(dá)出現(xiàn)在左上方，隨后一回合內(nèi)，隆圣與R1前來增援。
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★第十九話 激突！ゲッタ－ロボVSゲッタ－ロボG/激突！蓋塔VS蓋塔G（超級系）
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鏡頭轉(zhuǎn)移到早乙女研究所，普洛肯男爵偷了蓋塔G與龍馬他們交手，為了拯救大家，武藏獨(dú)自一人開著舊蓋塔與其同歸于盡。牟慶便代替武藏駕駛蓋塔G，第二回合時，主角他們就能來增援。但是，當(dāng)敵人全倒后，普洛肯男爵把BF團(tuán)從中國大陸蚩尤墓內(nèi)偷的龍王機(jī)、虎王機(jī)派出來，主角從中感應(yīng)到兩機(jī)體的痛苦思念波，于是上前說得兩機(jī)體離開。戰(zhàn)斗結(jié)束后，眾人發(fā)現(xiàn)武藏并沒有死，只是受了重傷。
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★第十九話 第二次直上會戰(zhàn)（真實(shí)系）
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這次希羅轉(zhuǎn)學(xué)居然轉(zhuǎn)到了真嗣他們的學(xué)校，并遇上使徒來襲。如果選“ロンド=ベルに救援を要請しない”，雖然不會馬上獲得增援，但能提升熟練度，而且希羅也會駕駛WING來幫忙。戰(zhàn)斗一開始，首要做的事情就是讓EVA初號機(jī)接上電源。其實(shí)這版中的敵人除了使徒外，其它人是很難打穿初號機(jī)的A.T.FIELD的，所以大可放心作戰(zhàn)。第4回合開始，味方的鐵甲萬能俠、蓋塔、R-GUN會陸續(xù)前來增援。
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★第二十話 決戰(zhàn)、第2新東京市（共通）
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眾人再度匯聚新東京市，并上街購物，還遇到了因受不了壓力出走的真嗣。平靜的時間沒過多久，第5使徒來襲，并以遠(yuǎn)距離攻擊打倒了EVA。美里想出了八之島作戰(zhàn)，英格拉姆幫助眾人實(shí)行這一計劃，不過先要在5回合內(nèi)確保初號機(jī)的安全，但偏偏機(jī)械獸又在此時來襲。所以，隆德貝爾艦隊要搶在5回合內(nèi)將使徒以外的敵人消滅，方能提升熟練度。
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戰(zhàn)斗結(jié)束后，R-GUN正式加入（不要培養(yǎng)英格拉姆?。。?，并出現(xiàn)第一次三分支，隆德貝爾艦隊分為三小隊，一隊由SRX、阿姆羅等人組成去迎接EVA貳號機(jī)（“EVA貳號機(jī)輸送艦隊と合流する”分支2A）；一隊由獸戰(zhàn)機(jī)隊、EVA為主力留在極東支部（“極東地區(qū)に殘る”分支2B）；一隊由高達(dá)為主力前往宇宙（“リガ·シリティア接觸し、宇宙へ行く”分支2C）。