★第一話 鋼鐵のコクピット/鋼鐵的駕駛艙（超級系）
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日本東城學(xué)院，放學(xué)后主角與其戀人、甲兒走在一起，正在討論考試等事情，此時突然傳來警報聲，阿修羅男爵帶著機(jī)械獸來襲。甲兒匆忙去取自己的飛行機(jī)，主角和戀人正待躲避時，一架軍用運(yùn)輸機(jī)被阿修羅男爵擊落，正落在他們身邊。在這場飛來橫禍中，主角失去了戀人的身影，此時腦海中感應(yīng)到墜落的運(yùn)輸機(jī)內(nèi)有什么在呼喚著他，便上前查看。原來是一臺藍(lán)色的巨大機(jī)器人，于是主角便鉆入駕駛艙內(nèi)迎戰(zhàn)敵人。（此時選擇第二項，不要查看基本戰(zhàn)斗方法，便可提升熟練度。另外，如果先前選擇去找戀人的話，就不能在一開始出場了。） 作為第一關(guān)并不難（事實上本作的難度偏低），敵人的運(yùn)動性很低，基本上無法命中主角的格倫加斯特貳式，再加上主角機(jī)擁有念動防護(hù)盾，運(yùn)氣好的話可以無傷過版。第三回合時，甲兒駕駛飛行機(jī)增援，阿修羅男爵會以他為攻擊目標(biāo)。此時主角應(yīng)將幾個嘍羅收拾得差不多了，攢足了氣力值便可用大技來收拾阿修羅男爵。 　
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★第一話 バニシング·トル－バ－/消失的騎兵（真實系）
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主角和戀人乃ETO傘下瑪琳企業(yè)的駕駛員，此次奉命運(yùn)送一編號為“RTX-010”的柯修拜斯特mk2前往月球。主角對此任務(wù)抱有懷疑，因為自己才接受訓(xùn)練沒多久便被提升為候補(bǔ)駕駛員，再加上以前聽說柯修拜斯特曾引起事故，之后該被人冠以“VANISHING TROOPER”（消失的騎兵）這一不祥的綽號。雖然一心期望平安無事，但運(yùn)輸船還是遭到了不明的襲擊，混亂中主角乘上柯修拜斯特被彈出運(yùn)輸船，在他脫離的瞬間，運(yùn)輸船爆炸了，與其戀人就此失去了聯(lián)絡(luò)。 接著，主角發(fā)現(xiàn)前方有一隊泰坦斯的MS，領(lǐng)頭的雅桑下令奪取柯修拜斯特，于是戰(zhàn)役就此展開（如超級系相同，選擇不要確認(rèn)操作說明即可提升熟練度）。敵人中只有雅桑比較難纏，其余的小嘍羅不足為懼。再加上到了第二回合，黑肯的亞加瑪、柯瓦特洛（夏亞）的利古迪亞斯、蕾歌婭的美塔斯等皆前來增援，應(yīng)可輕松過關(guān)（基于原創(chuàng)故事的情節(jié)，大家想必會猜到有些人物將來是要離隊的，比如蕾歌婭，所以培養(yǎng)角色時請注意。而本作中夏亞是不會逆襲的，大可放心培養(yǎng)）。 　
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★第二話 マジンガ－Z絕體絕命/鐵甲萬能俠陷入危機(jī)（超級系）
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失去了戀人的下落，又帶著格倫加斯特貳式，主角不知該如何是好，便與甲兒一同返回光子力研究所。此時，普洛肯男爵瞅準(zhǔn)甲兒不在的機(jī)會攻打研究所，于是弓清華的愛美神及波士的大鐵牛出擊迎敵。當(dāng)然無法指望這兩人能擊退敵人，只要讓他們守住研究所即可。到了第三回，主角和甲兒登場負(fù)責(zé)對付敵主力。期間，甲兒是可以回研究所與鐵甲萬能俠合體的。不過，若以飛機(jī)狀態(tài)過關(guān)是可以增加熟練度的。所以大家不妨先合體，等只剩下一個敵人時再分離。
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★第二話 黑いガンダム/黑色的高達(dá)（真實系）
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主角被亞加瑪所救后，暫時與反地球聯(lián)邦組織艾干一同行動，他們接下來的任務(wù)就是前往泰坦斯的基地奪取其新型MS。此時在殖民衛(wèi)星青色二號上，一段熟悉的劇情發(fā)生了：卡繆與花園麗一同前往港口，途中遇到捷利多，因為名字的關(guān)系雙方爭吵起來，結(jié)果卡繆被飽以一頓老拳。
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出于對泰坦斯的怨恨，主角與柯瓦特洛一同去奪取敵方的GUNDAM-MK2。在第二回合內(nèi)趕到一臺無人駕駛的MK2前即可提升熟練度，奪下該機(jī)后，第三回合時卡繆坐上去并向加克寧哥發(fā)起攻擊。然后只要讓卡繆往后退一退，主角與柯瓦特洛快速插上即可。 結(jié)束戰(zhàn)斗后，選擇“ブリ－フィングルへ行く”，將關(guān)系到以后是否能取得G-3。
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★第三話 ゲッタ－チ－ム出擊せよ/蓋塔隊出擊（超級系）
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主角突然感應(yīng)到遠(yuǎn)處有敵人存在，便與甲兒他們一同趕往早乙女研究所。戰(zhàn)斗一開始，蓋塔隊三機(jī)以分離狀態(tài)迎擊敵人，正好每個人消滅一個方向的敵人。然后等敵人的三個援軍出現(xiàn)后，再合體分別以不同形態(tài)擊倒敵人就能提升熟練度：蓋塔1號VS空中的敵人，蓋塔2號VS地上的敵人，蓋塔3號VS水中的敵人。將這些機(jī)械獸打倒后，再度出現(xiàn)敵機(jī)，此時主角們亦趕到，只要在不讓敵人接近研究所的前提下逐步消滅即可。 　
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★第三話 ホワイトペ－ス救出/救出白色基地（真實系）
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應(yīng)柯瓦特洛的要求，阿斯特納治調(diào)查了主角的機(jī)體，發(fā)現(xiàn)其操作系統(tǒng)是類似腦波控制裝置。接著，眾人接到白色基地的求救信號，于是趕去救援。在出擊前，主角感應(yīng)到不祥的預(yù)感，此時如選擇“出擊せず樣子を見る”，可提升熟練度，但主角要等第三回合敵增援出現(xiàn)后才能出擊。此關(guān)中最棘手的敵人莫過于西洛克，不過他會在第6回合或HP降至80%以下時退卻。
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★第四話 ジオン再臨/基奧再現(xiàn)（超級系）
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眾人來到聯(lián)邦軍的極東支部見過岡長官，從他口中得知主角的格倫拜斯特貳式乃ETO開發(fā)的新機(jī)體，但一直沒有找到合適的駕駛員。如今基奧軍再度抬頭、地球圈形勢惡化的情況下，岡長官便讓主角成為格倫拜斯特的測試駕駛員，其關(guān)系屬于光子力研究所。主角正在猶豫間，突然傳來基奧軍來襲的消息，于是眾人出擊迎戰(zhàn)（如果先前選擇了“もう少し考える”的話，主角不會馬上出擊）。此時如果熟練度為3以上的話，主角會遭到黑色三連星的挑戰(zhàn)，在三回合內(nèi)擊倒任何一架黑色三連星，熟練度就會提升。接著出現(xiàn)一大堆機(jī)械獸，這種笨拙的敵人應(yīng)該不是對手。
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★第四話 死神と呼ばれたG/被稱為死神的高達(dá)（真實系）
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布拉度成為亞加瑪?shù)呐為L后，探測到泰坦斯的信號，于是便趕去看個究竟，誰料正撞見法克斯與茜瑪在秘密會晤。茜瑪急忙離開，剩下來就要對付法克斯了。這關(guān)中有個人物要說得，那就是愛瑪，只要讓卡繆上前即可，還能因此提升熟練度。第三回合時，迪奧駕駛著死神高達(dá)登場，他會以泰坦斯為目標(biāo)來與玩者搶經(jīng)驗值。而敵人的母艦HP降至70%以下時便會撤退。戰(zhàn)斗結(jié)束后，迪奧出于監(jiān)視艾干的目的，加入隊伍。
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★第五話 シ－クレット·ナンバ－ズ/秘密號碼（超級系）
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返回極東支部的途中，主角再度感應(yīng)到敵人（比雷達(dá)還管用），于是趕過去一看，發(fā)現(xiàn)勇者雷丁的兩名成員正遭到化石獸的圍攻。這一關(guān)敵人挺多的，會不斷地在北、東、東南出現(xiàn)增援。我方的增援會在第四回合于東北方的小島出現(xiàn)，那就是隸屬ETO“SRX計劃”的R-1（伊達(dá)隆圣）、R-2（萊）、R-GUN（英格拉姆）。主角見到R-GUN，立刻產(chǎn)生一種奇怪的感覺，而英格拉姆似乎亦早就知曉主角的事情。（事先提醒一下，這位《SUPER HERO大作戰(zhàn)》的主角是千萬不能培養(yǎng)的！否則后果自負(fù)?。?zhàn)斗結(jié)束后，還沒怎么聊（雖然隆圣這個機(jī)器人迷看到鐵甲萬能俠與蓋塔等非常激動，甚至還拿照相機(jī)要留影），英格拉姆就帶著兩個手下離開了。 　
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★第五話 ジオンの亡靈/基奧的亡靈（真實系）
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從愛瑪處眾人獲知法克斯用毒氣對付反抗泰坦斯的殖民衛(wèi)星，于是決定追擊至地球。但是當(dāng)亞加瑪準(zhǔn)備降落地球時，卻遭到基奧的馬克白軍攻擊。如果熟練度在3以上的話，主角會遭受黑色三連星的時間差攻擊。本關(guān)強(qiáng)制7回合結(jié)束，所以如果在7回合內(nèi)干掉馬克白的母艦，就能提升熟練度。