★第五十六話 ジオンの幻象/基奧的幻象（共通）
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眾人終于再度匯合，這次的目標(biāo)是基雷的衛(wèi)星炮。我軍會分成兩支部隊，古蘭加蘭負(fù)責(zé)攻打要塞阿巴奧庫，MACROSS則去奪取衛(wèi)星炮。因為必須要在四回合內(nèi)讓任何一部機(jī)體抵達(dá)衛(wèi)星炮，所以要派一些移動力高的機(jī)體出擊。另外，當(dāng)我軍占領(lǐng)了衛(wèi)星炮后，會鉆出來一只吸收光線武器的怪獸。這一關(guān)中是可以說得波蕾2的，只要讓捷度上前說得一次后，卡繆他們就會提醒捷度必須將她的機(jī)體擊墜。在第四回合時，地獄博士會率領(lǐng)大批的鐵甲萬能俠、蓋塔的量產(chǎn)機(jī)出現(xiàn)在地球附近。第五回合時，基茜莉婭率軍出現(xiàn)并提出停戰(zhàn)，選擇“停戰(zhàn)協(xié)定を受け入れる”的話，立刻過版并提升熟練度；反之則施行敵全滅。
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★第五十七話 天使の輪の上で/在天使之輪上（共通）
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解決了新基奧軍，眾人火速趕往天使之輪，但還是慢了一步，殖民衛(wèi)星SIDE3中的人們已遭受天使之輪的精神波攻擊，全部沉睡、退化了。于是，白河愁提出讓隆圣和主角的超能力來中和天使之輪的力量（選擇“作戰(zhàn)を引き受け”）。所以，這一關(guān)的最初三個回合便是要保護(hù)不能動彈的SRX、主角機(jī)、白河愁以及母艦不受敵人攻擊，所以要讓其它機(jī)體在前方擺開一道防線，因為敵人是會以主角機(jī)、SRX和母艦為首要攻擊目標(biāo)的。三回合過后，主角的超能力終于覺醒了，將天使之輪的精神波頂了回去。此時白河愁離開，我軍開始反攻。過關(guān)條件是讓胡素或者希羅抵達(dá)天使之輪的中央，不過為了寶貴的經(jīng)驗值和金錢，能打多少敵人就盡量殺多少，雖然把守天使之輪及后方的西洛克都是強(qiáng)敵。另外，西洛克一旦受到攻擊就會撤退的，所以實(shí)力不夠的話就不要去理睬他。 雖然阻止了天使之輪，但它卻受到某種力量的牽引，直往地球墜去，而阿克西斯那邊的動向又非常令人不安，于是又要兵分兩路，一隊由布拉度帶領(lǐng)、元老高達(dá)系、SRX等前往阿克西斯（選擇“アクシズへ向かう”，進(jìn)入分支6A）；一隊則由V GUNDAM、EVA、超級機(jī)器人組成，追擊天使之輪（選擇“エンジェル·ハイロウを追う”，進(jìn)入分支6B）。
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★第五十八話 神の國への誘惑/神之國的誘惑（分支6A）
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鏡頭轉(zhuǎn)到異星人陣營，帝國軍參謀尤塞斯表示要盡快奪取CYBASTER和覺醒超能力的主角，于是夏比洛想出一個點(diǎn)子。這一話的敵人并不多，主要是交代劇情。戰(zhàn)斗開始后不久，紗羅就會被夏比洛催眠。當(dāng)我軍將夏比洛所乘的機(jī)體擊墜后，主角的戀人、彩、琉妮三人亦被催眠并與夏比洛一同離去。 　
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★第五十八話 勝者と敗者に祝福を/給勝者與敗者祝福（分支6B）
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胡素他們一路追擊天使之輪至地球，收拾其殘黨。這一關(guān)中敵人不少，但我方也有增援的機(jī)會。另外，擊墜米利安與拖列斯兩人是可以獲得熟練度的。
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★第五十九話 クロス·タ－ゲット/十字標(biāo)的（分支6A）
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主角等人回到母艦上說明情況后，柯瓦特洛卻認(rèn)為大戰(zhàn)之前不能再喪失兵力，而且又不知紗羅她們被帶到哪里，所以不準(zhǔn)正樹他們前去營救。結(jié)果正樹等人一氣之下，擅自離開了MACROSS（此時主角可選擇是否阻止正樹，如果阻止的話就不能馬上出擊）。本話的過版條件是說得四位女角，分別讓主角→主角戀人；正樹→琉妮；忍→紗羅；隆圣→彩。其實(shí)要說得她們是很容易的，不過為了能賺取更多的經(jīng)驗值，可以留下一人不要說得，等敵人援軍登場。敵方增援中有尤塞斯和蕾比兩個大人物，特別是蕾比，讓隆圣上前說得并攻擊她就會引發(fā)對話，然后將其擊倒便可俘虜她。
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★第五十九話 せめて、人間らしく/起碼象個人類（分支6B）
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本話和下一關(guān)都是在展示劇情，戰(zhàn)斗流程非常短暫，而且全部是與EVA相關(guān)的，所以最好將初號機(jī)改造一下。戰(zhàn)斗前選擇“今すぐ出擊する”能提高熟練度。
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★第六十話 戰(zhàn)士、再び/戰(zhàn)士再來（分支6A）
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終于開始攻打阿克西斯了，捷度更是焦急地?fù)屜葲_出去，第三回合時我方大隊人馬才能趕到。面對高達(dá)系的敵人是非常討厭的，因為其運(yùn)動性好，命中回避率都很高，又有“劍擋格”，非?；〞r間。敵人中自然要屬哈曼是最強(qiáng)勁的，她會待阿克西斯軍的大半機(jī)體消滅后出現(xiàn)。擊敗哈曼后，巴尼帶著捷度的妹妹莉娜前來加入隊伍，不過這種時候象巴尼這樣的角色根本就幫不上什么忙。
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★第六十話 最后のシ者/最后的使者（分支6B）
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基本上劇情與原作的“最后的使者”相同。Nerv新來的EVA駕駛員渚薰就是最后的使徒，他操作著貳號機(jī)與真嗣戰(zhàn)斗并逐漸接近莉莉斯，最后讓真嗣親手了結(jié)他的生命，可獲得熟練度的增加。